灌肠疗法可以治疗很多种疾病，比如溃疡性结肠炎、放射性直肠炎、肛窦炎等结肠直肠及肛门部的疾病。还可以治疗便秘、肾功能衰竭、尿毒症、黄疸型肝炎、肝硬化等疾病。也可以治疗盆腔炎、子宫内膜异位症、前列腺炎等肛门直肠周围器官的病变。
灌肠疗法在我国有着悠久的历史，最早见于医圣张仲景的《伤寒杂病论》中。灌肠疗法有很多优点，比如它可以增加局部的血药浓度，减少肝脏的首过效应，而且可以减少胃肠道的消化液消化酶对药物的影响。随着灌肠器械及灌肠技术的改进，灌肠疗法的应用日趋增多，尤其是现有的灌肠机应用，可以使灌肠的部位高到结肠的位置。