治疗脑萎缩的药物较多，并不局限于6种。根据引起脑萎缩的原因，常用的药物较多，常见的有改善血液循环的药物、营养神经的药物、胆碱酯酶抑制剂、抗感染药物等。
1、改善血液循环的药物：如果脑萎缩是由脑血管硬化引起的缺血、缺氧导致，要治疗高血压、糖尿病、高血脂等疾病，控制好血压、血脂、血糖，再给予抗血小板聚集的药物，如阿司匹林、氯吡格雷或者西洛他唑等，改善血液循环，从而延缓血管硬化，改善脑萎缩。对于发生脑梗死的患者，可根据病情使用溶解血栓的药物，如尿激酶等。还要给予阿托伐他汀、瑞舒伐他汀等，改善斑块、稳定斑块，从而起到改善血管硬化和血液循环的作用，而改善因为缺血、缺氧引起的脑萎缩；
2、营养神经的药物：常见的有慢性酒精中毒引起的脑萎缩，主要是维生素B缺乏引起，可以通过补充维生素B1、维生素B6、维生素B12，改善营养代谢因素造成的大脑萎缩、小脑萎缩的症状，可以改善症状，还有奥拉西坦、尼莫地平、尼麦角林、茴拉西坦、吡拉西坦等药物，可改善微循环、促进脑代谢，治疗脑萎缩引起的神经功能缺失、记忆与智能障碍。由于平时抽烟、喝酒等不良习惯引起的脑萎缩，除补充维生素以外，还要戒烟、酒，预防脑萎缩加重；
3、胆碱酯酶抑制剂：还有一大部分患者的脑萎缩主要是由于大脑退化，即脑细胞凋亡萎缩造成，称为老年性痴呆或者早老性痴呆。可以使用胆碱酯酶抑制剂，如多奈哌齐、石杉碱甲等药物，能够改善认知、脑功能，甚至改善脑萎缩的症状；
4、抗感染药物：由感染性因素造成的脑萎缩，常见于细菌性感染或者梅毒感染引起的脑中枢神经的梅毒，以青霉素、头孢曲松等药物治疗为主，通过规范的治疗，可以改善脑萎缩。病毒感染可使用阿昔洛韦、更昔洛韦等抗病毒药，结核杆菌感染可以用异烟肼、利福平等药物。
除此之外，多发性硬化症引起的脑萎缩可使用人成纤维细胞干扰素、芬戈莫德等药物，建议患者发生脑萎缩时及时就医，根据患者的病情及疾病类型，选择正确的药物治疗，避免症状不断加重，影响生活质量。