复方鱼腥草合剂成人一次20-30ml，一日3次。儿童用量，一般来说1-4岁的孩子每次5ml，5-7岁的孩子每次10ml，8-12岁的孩子可以吃15ml，但最好是咨询医生之后再给孩子用药，不建议家长自己给孩子用药。由于孩子正处于生长发育阶段，身体各脏器还没有发育成熟，而本品药性寒凉，服用后容易损伤孩子的脾胃，可能引起腹泻、腹痛等。
建议饭后半小时左右服用本品，减少药物对胃肠道的刺激。用药期间要注意忌烟、酒，忌食辛辣、油腻、鱼腥刺激的食物，同时不应服用温补性的中药，如人参、当归、黄芪等。如果服药3天后症状没有缓解，应去医院就诊。
服用本品前首先要进行辨证，本品药性寒凉，适用于外感风热引起的咽喉疼痛；风寒感冒咽痛，伴有怕冷、发热、无汗、鼻流清涕的患者慎用，脾虚导致大便稀薄的患者慎用，以免加重自身症状。孕妇也要慎用，因为寒凉药物容易引起子宫收缩，导致先兆流产。扁桃体有化脓及全身高热的患者，应去医院就诊，不要再自己用药，以免耽误治疗。本品含有蔗糖和蜂蜜，所以糖尿病患者不适宜服用。