大部分肛周脓肿是由肛腺感染引起，但也可能是其他感染导致。肛周脓肿又称直肠肛管周围脓肿，是指直肠肛管周围软组织内或其周围间隙发生的急性化脓性感染并形成脓肿。
1、肛腺感染：肛腺开口于肛窦，部分肛腺位于内外括约肌之间。因肛窦开口向上，呈口袋状，存留粪渣易引发肛窦炎，感染延及位于括约肌间隙的肛腺后，可导致括约肌间感染。当感染蔓延至直肠肛管周围间隙的疏松脂肪结缔组织后，可形成不同类型的直肠肛管周围脓肿；
2、其他感染：直肠肛管周围脓肿也可继发于肛周皮肤感染、损伤、肛裂、内痔、药物注射、骶尾骨骨髓炎等。克罗恩病、溃疡性结肠炎及血液病病人也易并发直肠肛管周围脓肿。