肺曲霉菌病的典型症状包括咳嗽、咳痰、咳血、发热、胸痛，部分侵袭性肺曲霉病患者可累及全身多系统，呼吸衰竭是肺曲霉菌病的常见并发症。
一、典型症状
1、过敏性支气管肺曲霉病：一般表现为控制不佳的哮喘，临床表现为反复发作喘息、咳嗽、咳痰、咯血、发热、头痛、胸痛等。约50％患者咯棕色痰栓，有4％患者咯血量偏大。喘息发作时双肺可闻及哮鸣音，局部可闻及湿啰音，晚期多有发绀及杵状指。临床上复发与缓解常交替出现。
2、慢性坏死性肺曲霉病：症状常隐匿，包括慢性咳嗽、咳痰、发热及非特异性症状，约15％的患者可有咯血，表现为慢性支气管炎及反复轻度咯血。
3、侵袭性肺曲霉病：典型病例为粒细胞缺乏或接受广谱抗生素、免疫抑制剂和激素过程中出现不能解释的发热，胸部症状以干咳、胸痛最常见，咯血虽不如前两种症状常见，但具有提示性诊断价值。当肺内病变广泛时则出现气急、甚至呼吸衰竭，约30％患者可以有肺外器官受累，主要见于血流丰富的器官，如心、肝、肾、脑、胃肠等。
4、慢性肺曲霉病：肺曲霉球的最常见症状是咯血，发生率50％~90％，咯血量从很少量到大量致死性咯血不等。其他常见症状有慢性咳嗽，偶有体重减轻。除非合并细菌性感染，患者一般无发热。毗邻胸膜的曲霉球可以引起胸膜腔感染，个别病例可导致支气管胸膜瘘。部分患者呈现隐匿性过程，持续多年无症状。
5、曲霉肿：主要表现为反复咯血，甚至大咯血，或伴有刺激性干咳。
二、其他症状
部分侵袭性肺曲霉病患者可累及全身多系统，出现皮疹、头痛、恶心、呕吐、食欲不振、柏油样便、血尿、畏光、眼球突出、听力下降、昏迷等全身症状。