六君子丸为补益类中成药，一般用于改善食量不多、气虚痰多、腹胀便溏（大便稀不成形）等脾胃虚弱证。在医生的指导下也可以用于治疗胃及十二指肠溃疡、慢性胃炎、溃疡性结肠炎、肠易激综合征、放疗和化疗导致的胃肠反应、慢性功能性腹泻、胃神经官能症、萎缩性胃炎、小儿泄泻、妊娠呕吐、慢性支气管炎等。但并不是所有患者都可以服用，患者需注意以下禁忌人群：
1、本品中的某些成分可能会影响胎儿发育，孕妇不宜服用。
2、有口干、舌红唾液少、大便干、胃痛等症状的中医辨证属脾胃阴虚者不宜服用本品，以免加重病情。
3、中医辨证属痰热咳嗽（可表现为痰黄且粘稠、口渴等）或湿热泄泻（可表现为大便不爽、烦热口渴、肛门灼热等）者不宜服用本药。
4、处于感冒期的患者不宜服用。
5、小儿、年老体弱者对药物耐受性较差，应在医师指导下服用。
6、本品含有党参、麸炒白术、茯苓等中药，对本品成分过敏者禁用。第一次服用或过敏体质者，如出现皮疹、药物热或皮肤瘙痒等症状，请先停药咨询医生后再服用。