副作用在这里泛指不良反应，抗生素的不良反应包括胃肠道反应、肝肾损伤、神经系统反应、过敏反应、二重感染、血液系统反应、光敏反应等。
抗生素是由各种微生物，包括细菌、真菌、放线菌属所产生的能够杀灭或抑制其他微生物的物质。与其他药物一样，使用抗生素也会导致一定的不良反应，具体如下：
1、胃肠道反应：常见恶心、呕吐、腹泻、腹痛、食欲不振等，喹诺酮类、头孢菌素类、大环内酯类、四环素类、林可霉素类抗生素均可引起胃肠不适。通常情况下，抗生素引起的胃肠道反应属于轻到中度，不会影响继续用药。症状较明显者可以通过饭后服用抗生素，来缓解可能出现的肠胃不适。此外，头孢菌素类抗生素对肠道菌群有较强的抑制作用，长期或大剂量使用头孢菌素类抗生素，可能会导致胃肠道菌群失调。
2、肝肾损伤：许多抗生素都是通过肝脏代谢、肾脏排泄的，因此抗生素容易引起肝脏、肾脏损伤，特别是既往有肝肾疾病的患者，在使用抗生素期间更要提高警惕。大剂量、长期使用一些头孢菌素类、大环内酯类抗生素，可导致氨基转移酶、碱性磷酸酯酶、血胆红素等升高，还可引起胆汁淤积。
3、神经系统反应：临床试验证明，喹诺酮类抗生素可能会引起嗜睡、头痛、头晕、四肢麻木等症状，甚至可诱发癫痫。引起中枢神经系统反应主要与服药剂量过大、服药时间过长有关。由于喹诺酮类药物可透过血脑屏障，如果一次使用剂量过大或服药时间过长，透过血脑屏障的药物量就会增大，从而可影响大脑边缘系统的功能，导致患者出现神经系统症状。
4、过敏反应：在青霉素和头孢菌素类抗生素中最为常见，发生率大约在7%左右，具体要根据个人体质而定。过敏反应主要表现为皮疹、瘙痒、咳嗽、喘息、喉咙发紧、呼吸困难等，出现上述症状的患者应及时拨打120或急诊就医。
5、二重感染：是指长期使用抗生素，使得敏感菌群被杀灭或者受到抑制，而另一些不敏感细菌或者真菌生长繁殖，产生的感染现象。长期使用庆大霉素、卡那霉素、阿米卡星等氨基糖苷类药物，可引起二重感染。二重感染发生在不同部位有不同的表现，比如严重腹泻、真菌性肺炎、高热等。患者在使用抗生素时，一定要遵照医生推荐的用法、用量及疗程使用。
6、血液系统反应：头孢菌素类抗生素可能会导致红细胞减少、白细胞减少、血小板减少、嗜酸性细胞增多等。氯霉素类抗生素也可能会导致再生障碍性贫血。
7、光敏反应：四环素类、喹诺酮类抗生素可引起光敏反应，表现为红斑、水肿、丘疹、水疱、渗出，甚至可出现晒伤样症状。建议患者在用药期间及停药后5天内，不要过度暴露于阳光下，出门使用防晒霜、遮阳伞、防晒衣，以减少光敏反应的发生几率。
此外，一些特定的抗生素也会引起特殊的不良反应，例如氟喹诺酮类药物可能会引起肌腱炎并可能导致肌腱断裂，有永久性神行损伤的风险；四环素类抗生素会导致儿童恒牙永久性染色或变色；喹诺酮类抗生素加替沙星可能会导致严重的血糖异常，不及时处理可引起严重后果；氨基糖苷类抗生素庆大霉素具有耳毒性，可导致患者出现耳鸣、听力下降、耳聋等症状。