舍曲林主要用于治疗抑郁症的相关症状，包括伴随焦虑，有躁狂史或无躁狂史的抑郁症患者，舍曲林还可以用于治疗强迫症。舍曲林用于抑郁症时一般服药7天左右可以见到疗效，完全疗效需要在服药第2-4周才能显现，治疗强迫症时，它的疗效出现时间可能需要更长时间。
长期用药应根据疗效调整剂量，并维持在最低的有效治疗剂量，由于舍曲林的消除半衰期为24小时，调整剂量的间隔时间不应短于1周的时间。当舍曲林用于抑郁症时，疗效满意后应继续服用舍曲林，可有效地防止抑郁症的复发和再发。当舍曲林用于强迫症时，初始治疗有反应后，舍曲林在治疗强迫症2年时间内，仍保持它的有效性、安全性和耐受性。