牙龈肿痛多数是患有牙周炎所引起的，牙周炎属于混合细菌的感染，因此可以服用消炎药物，比如甲硝唑片、阿莫西林、牙周康等来对症治疗，临床上不建议长期的采用口服消炎药的方法来治疗牙周炎。
临床上治疗牙周炎和牙周肿痛，主要是采用局部用药和局部治疗的方法，局部用药主要是对牙周的冲洗和上药，采用生理盐水和双氧水反复的冲洗牙周和牙周袋，去除牙周袋内的食物残渣、细菌等感染性的物质，在牙周袋内滴涂碘甘油进行局部的消炎。局部治疗的方法主要是超声洁治，采用超声洁治的办法能够彻底清除掉牙周围的牙石和牙菌斑，创造良好的口腔卫生环境，使牙周炎逐渐的恢复，牙周脓肿的状况也会随之消失。对于牙周炎比较严重的患者，通常还建议采取深层的牙周刮治治疗。