温胃舒颗粒和三九胃泰颗粒都可以用于萎缩性胃炎、慢性胃炎等出现的胃痛，但二者是有较大差异的，分别适用于不同原因引起的胃痛。温胃舒颗粒具有温胃止痛的功效，适用于脾胃虚寒引起的胃痛，表现为胃脘冷痛、腹胀、嗳气（打嗝）、食少、畏寒、无力等。三九胃泰颗粒具有清热燥湿、行气活血、柔肝止痛的功效，适用于湿热内蕴、气滞血瘀所导致的胃痛，表现为脘腹隐痛、饱胀、反酸、恶心、呕吐、嘈杂（胃中空虚，似饥非饥，似辣非辣，似痛非痛等）、食少。
二者在组成上也大有不同，温胃舒颗粒由党参、附子、黄芪、肉桂、山药、肉苁蓉、白术、山楂、乌梅、砂仁、陈皮、补骨脂组成。三九胃泰颗粒由三叉苦、九里香、两面针、木香、黄芩、茯苓、地黄、白芍组成。患者需要根据自身的症状表现来选择合适的药物，不能将这两个药物替代使用。急症胃痛、重度胃痛的患者应及时就医，在医师指导下用药。