黄连上清丸和牛黄解毒丸都属于通常所说的降火药，但二者是有一定区别的。
黄连上清丸具有清热通便、散风止痛的作用，可用于上焦风热、头昏脑胀、牙龈肿痛、口舌生疮、咽喉红肿、耳痛耳鸣、暴发火眼（红眼病）、大便干燥、小便黄赤等；急性口腔炎、内耳迷路炎、前庭神经炎、血管神经性头痛、急性扁桃体炎、急性齿龈炎、急性结膜炎、急性中耳炎、急性胃肠炎、痢疾等出现上述症状者都可以使用；本品含有解表中药，作用主要是散风，治疗风火、风热引起的症状效果较好。
牛黄解毒丸的作用是清热解毒，药性较凉，适用内火较旺的体质壮实者，临床多用于由内热（非风火）引起的热毒壅塞于上焦（从咽喉至胸膈部分）而出现的口鼻生疮、咽喉肿痛、牙龈肿痛、口舌生疮、目赤肿痛等，疗效显著，口腔红肿热痛如扁桃体炎、咽炎、牙龈痛、口腔溃疡兼有便秘的患者最适宜；本品的作用主要是解热毒。
由此可见，二者的作用是不同的，不可以替代使用，也不能同时使用。另外，黄连上清丸属于非处方药，患者可以根据自身症状在药师指导下购买使用，而牛黄解毒丸属于处方药，需要到医院或门诊就医，由医生开具处方后才能购买使用。
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