马应龙麝香痔疮膏为临床治疗痔疮和肛裂的常用药，通常一天用2次，即早晚各一次。使用本品前，最好先排便，然后清洗肛周，条件允许的情况下，可以用温水或者高猛酸钾稀释后坐浴，有利于药物的吸收，治疗效果会更好。
如果是外痔，可以用棉棒或者戴医用手套，将适量药膏涂抹在肛门外部，如有小肉球，可以轻轻按摩往里推，按摩有助于药膏的吸收。内痔患者需要搭配随药附带的塔型注入器，药膏瓶盖拧下后，将注入器装在瓶口处，拧紧，然后将注入器缓慢轻柔地推入肛门内约2cm（注入器2/3的长度），挤压适量药膏到肛门内，之后将注入器丢弃，注意注入器是一次性的，不可以重复使用。混合痔患者则需要肛门内和肛门外同时用药。肛裂和肛周湿疹患者，将适量本品涂抹患处即可。给药结束后，还应将肛垫或者卫生垫垫在内裤上，避免污染衣物。
使用时还需要注意，本品为外用药，不可以口服，用药完毕后应及时洗手，不要接触眼睛、口腔等黏膜处。自行用药3天症状不见缓解，应及时到医院就诊。平时要注意调整饮食习惯，需多吃新鲜的蔬菜水果，少吃或者不吃辛辣、刺激性食物，多喝水，戒烟戒酒等，还要保持肛周清洁，养成良好的排便习惯，避免痔疮反复发作。