六君子丸和香砂六君子丸都可以用于治疗脾胃疾病，但二者在组成和应用上都是有区别的。从组成成分上看，六君子丸和香砂六君子丸是比较相似的。六君子丸是由党参、麸炒白术、茯苓、姜半夏、陈皮、炙甘草这六味药组成。而香砂六君子丸则是在六君子丸的基础上加入了木香、砂仁，这两味药都有理气、和胃散寒的功效。从功能主治上看，六君子丸有补脾益气、燥湿化痰的功效，以补气为主，兼燥湿化痰，因此主要补益脾胃之气，改善脾胃虚弱、食量不多、气虚痰多、腹胀腹泻等症。而香砂六君子丸因加入了木香、砂仁这两味理气的药物，在补气、燥湿化痰的基础上又多了理气散寒的功效，因此适用于脾胃气虚，寒湿停滞中焦导致的纳呆（消化不良）、嗳气食少、脘腹胀满或疼痛、呕吐泄泻等症。
所以，一般脾胃虚弱的轻症患者，通常服用六君子丸就可以达到治疗效果了。而脾胃虚弱兼有呕吐、腹胀、消化不良的重症患者，建议服用香砂六君子丸，治疗效果更好一些。这两种药品患者都可以自行购买服用，但服用时要注意辨证用药。若不好区分症状，最好去医院由医生确诊后再进行服用，以免药不对症，延误病情治疗。