精子有细菌可能是精液污染、前列腺炎、精囊炎、尿道炎等因素所导致。当伴有明显不适症状时，比如会阴部胀痛、射精疼痛、排尿疼痛等，应及时就医进行检查和治疗，避免影响到生殖系统健康。
1、精液污染：在进行检查之前没有对尿道口部位进行清洁，在检查的过程当中，精液碰到了其他污染物，可能会出现假阳性结果，就会导致精液当中存在细菌，一般没有其他临床症状，复查时通常会恢复正常；
2、前列腺炎：频繁手淫、长时间憋尿、不注意下体卫生等因素，可能会诱发前列腺炎，由于前列腺液是精液的重要组成部分，就会导致精子当中有细菌，还伴有会阴部胀痛、尿频、尿急、尿不尽、尿滴白等症状；
3、精囊炎：由于精囊是储存精子的主要器官，当精囊内出现感染时，炎性物质与精液相混合，排出体外以后进行检查时，就可发现精子有细菌，伴有射精疼痛，严重时，可能会出现血精；
4、尿道炎：可能与不洁的性生活或不注意生理卫生有关，导致尿道内出现致病菌感染，可使尿道口部位出现黄色或白色脓性分泌物，在排精时，精液与这些分泌物混合，导致精液受到污染，表现为精子有细菌，可能还伴有排尿疼痛、尿频、尿道烧灼感、尿道瘙痒等症状。
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