免洗手消毒液对于人体一般没有什么危害，主要目的是给手消毒，可以杀灭大肠杆菌、金黄色葡萄球菌等常见肠道致病菌。不过，由于免洗手消毒液的种类较多，如果对洗手液里面的成分过敏，可能会出现过敏反应。
免洗手消毒液存在植物成分类免洗手消毒液、抗菌类免洗手消毒液、酒精免洗手消毒液等，植物成分类免洗手消毒液里面含有各种天然植物成分，如金盏花、柑橘、椰子油、芦荟提取物等，虽然成分比较安全，但如果对植物过敏，使用后可能会出现皮肤瘙痒、红肿等问题。抗菌类免洗手消毒液主要成分有苯扎氯铵、氯二甲酚、氯己定等，具有杀菌消毒的作用，但比较刺激，经常使用可能导致皮肤变得十分粗糙，严重甚至会出现脱皮的情况。酒精免洗手消毒液里面有酒精，会对皮肤黏膜造成一定刺激，长此以往也会导致皮肤变得干燥、粗糙。
免洗手消毒液一般都含有酒精，如果没有必要，不建议经常使用免洗手消毒液，可以通过普通的肥皂或洗手产品进行手部清洁。