适量的使用枯草芽孢杆菌，一般不会对人体造成危害，如果患者对该菌过敏，或长时间、大剂量的使用，可能会对人体造成一定危害。
1、不会对人体造成危害：枯草芽孢杆菌主要生存在人体的肠道内，可提高人体的免疫功能，而且也会对人体其他致病菌有抑制作用。枯草芽孢杆菌菌体生长过程中产生的活性物质，对致病菌或内源性感染的条件致病菌有明显的抑制作用。菌体自身合成α-淀粉酶、蛋白酶、脂肪酶、纤维素酶等酶类，在消化道中与动物体内的消化酶类一同发挥作用，有效促进机体的消化功能，可减轻患者消化不良、腹胀等相关症状；
2、会对人体造成危害：若患者对枯草芽孢杆菌或者其产生的活性物质过敏时，可对机体产生危害，若枯草芽孢杆菌在肠道中过多，也可抑制部分有益菌群，导致肠道菌群失调，造成患者可能会出现腹泻、腹胀等消化道过敏症状，严重时，可能发生过敏性休克。建议停止使用该类生物制剂，并在医生的指导下进行治疗。
建议患者在医生指导下服用药物，不可盲目用药。注意枯草芽孢杆菌是活菌，不能用太热的水送服。