肺灌洗术一般不会对人体造成实质性的直接伤害，但在操作过程中及操作后可能会出现呼吸抑制、支气管痉挛、反流误吸、心血管并发症及出血等情况。肺灌洗称为支气管肺灌洗术，是利用纤维支气管镜向支气管肺泡注入生理盐水并随即抽吸、收集肺泡表面液，检查其细胞成分和可溶性物质的一种方法，分为全肺灌洗和肺段肺泡灌洗，一般需要在全身麻醉、双腔支气管导管肺隔离的前提下进行。
1、呼吸抑制：是镇静、麻醉以及支气管镜诊疗时较常见的并发症，可行气管插管或置入喉罩辅助控制呼吸，直至患者呼吸完全恢复正常；
2、支气管痉挛：与麻醉不充分、患者高度紧张、操作技术不规范，以及强行刺激声带、气管壁注入药物及冷盐水等相关；
3、反流误吸：在镇静状态下患者咽喉反射可能被抑制，口腔内分泌物可能误吸入气管，胃液及胃内容物可能反流并误吸入呼吸道，会造成吸入性肺炎。因此肺灌洗术前必须遵医嘱严格禁食、禁饮，防止反流误吸；
4、心血管并发症：使用镇静、麻醉的药物及操作时，可能会造成心率与血压剧烈波动，甚至出现心律失常、心搏骤停等情况；
5、出血：多由诊疗操作中气道损伤所致，建议凝血功能功能异常的患者，在术前服用抗凝药物及进行相关治疗，出血量情况严重者，应及时予以抢救及对症处理。
肺灌洗的相对禁忌证有患者过度紧张、不配合，以及支气管哮喘伴气道阻塞、高碳酸血症、难以纠正的低氧血症、严重的心肺疾病或明显的出血倾向等，进行此操作之前应注意避免。