目前没有科学研究数据证明咖啡灌肠具有一定的好处，灌肠主要适用于长期便秘、手术前清洁肠道、肠胀气、中毒等人群，临床上常使用生理盐水、肥皂水等溶液，在专业人员操作下清洁肠道，而咖啡灌肠在临床上没有明确依据，也不建议长期咖啡灌肠。对于开展咖啡灌肠养生项目的机构，要注意辨别，不要轻信。
另外，长期咖啡灌肠容易造成体内肠道菌群失调、细菌感染，也可能会导致直肠黏膜损伤等坏处，如果存在便秘症状，建议前往医院就诊治疗，避免盲目自行处理，影响身体健康。
1、肠道菌群失调：肠道中的大量微生物对人体消化吸收、抵御外来细菌具有一定作用。长期咖啡灌肠会带走肠道中的部分菌群，破坏原本肠道中的微生物平衡，导致肠道菌群失调，影响正常的排便功能；
2、细菌感染：咖啡不是医院中灌肠专用溶液，咖啡灌肠时如果将未杀灭的细菌带入肠道，容易造成细菌感染，导致结肠炎、败血症等疾病；
3、直肠黏膜损伤：灌肠属于专业医疗操作，如果使用过烫或过冷的咖啡灌肠时，或导管放置位置过深，会造成肠道不适，甚至损伤直肠黏膜，导致出血。