肠功能紊乱首先要帮助患者认识理解病情，改变患者的生活习惯，避免吸烟、饮咖啡、饮酒。在个人生活方面要避免能够诱发患者症状的食物，建议少食多餐，一定要避免大量进食。
药物治疗方面，如果幽门螺杆菌是阳性，患者要正规的根除幽门螺杆菌，同时可以辅助抑酸药物，代表药物是质子泵抑制剂或者H2受体拮抗剂。也可以选择促进胃肠道动力药物，改善与进餐相关的上腹部症状，常用的药物有吗丁啉、莫沙必利或者伊托必利，一般都是在餐前15-30分钟服用，疗程是2-8周。
比较关键的一步是要进行精神和心理治疗，有些抗抑郁药物可以作为常规的选择，最常见的临床代表药物是黛力新。
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