五子衍宗丸主治肾虚性疾病，比如男性性功能障碍（阳痿）、男性不育症等。
五子衍宗丸有补肾益精的功效，对于改善肾虚精亏有一定好处。在临床上，肾虚精亏主要可表现为阳痿、遗精、早泄、腰痛、尿不尽等症状，但其热、寒表现不明显。如果患者出现了肾虚精亏的相关症状后，就可以用五子衍宗丸进行治疗。通常，大部分患者最少需要应用4周左右的五子衍宗丸，才能使其肾精亏虚的表现出现改善或者好转。
需注意，如果患者的症状明显，比如出现严重怕冷，或者严重烦热等症状，就可能是患有肾阴虚或者肾阳虚，而肾阴虚或者肾阳虚并不在五子衍宗丸所主治的范围内。另外，如果使用五子衍宗丸治疗4周后，患者的症状仍然不见好转，则可能是辨证证候不正确，即病重药轻，此时，患者应该停止用药，并及时前往医院寻求医生的帮助，来及时调整治疗方案。