碘伏和碘酒虽然都是杀菌消毒药，而且都具有广谱的杀菌作用，但是区别是碘伏是一种有机碘，碘酒是一种无机碘，碘伏的刺激性很小，碘酒的刺激性非常的大，碘伏是一种单质碘和聚乙烯咯烷酮组成的不定型结合物，不仅可以用于伤口的皮肤消毒，还可以用于黏膜的消毒，也可以用于像伤口里边的消毒都可以，甚至于在体内的消毒也行，因为刺激性非常小，而碘酒只能用于体表，而且不能用于伤口的消毒，因为刺激太大，刺激性大不仅会引起剧痛，而且会引起影响伤口的愈合。
一般来讲碘酒是不能用于有伤口的消毒，也不能用于黏膜的消毒。如果用于黏膜，必须浓度很低，因为碘酒就是碘加酒精制成，刺激性非常的强，像碘伏在杀菌、消毒的作用方面和碘酒非常的像，但是有个非常好的优点就是刺激性非常的小，所以用处更加的广泛，现在基本上碘伏已经取代了碘酒，碘酒在临床的应用已经非常的少了，这就是因为在使用上非常不方便，用了碘酒以后即使在皮肤上也要用酒精来脱碘，就要把这个颜色完全给消掉，否则残留碘也会对皮肤有很强的伤害作用，而碘伏就温和得多，所以现在多数用碘伏就完全取代了碘酒。