巴氏囊肿是由于巴氏腺腺管发生堵塞，分泌液体潴留在囊腔里头，形成囊肿，巴氏腺位于大阴唇的下端，开口位于大阴唇下1/3，开口位于阴道的内侧，正常巴氏腺分泌的液体是在性生活时润滑阴道，能够促进性兴奋的作用。
如果一旦由于某种原因，比方说炎症会引起腺管堵塞，分泌的液体就流不出来，而潴留在这个内，形成囊肿，如果囊肿在抵抗力低下的时候，或者是某些病原体侵袭时可能会发生急性炎症，引起巴氏腺脓肿，对机体就会造成一些伤害。有些人巴氏腺脓肿反复发作会形成慢性的潴留，也会形成长期存在的巴氏腺囊肿。所以女性要注意外阴的清洁和卫生，以免引起炎症，而引起腺管的堵塞，导致炎症，形成巴氏腺囊肿。
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