舍曲林用于治疗抑郁症的相关症状，包括伴随焦虑、有或无躁狂史的抑郁症，疗效满意之后继续服用舍曲林，可以有效的防止抑郁症的复发和再发。舍曲林也可以用于治疗强迫症，疗效满意后继续服用舍曲林，也可以有效的防止强迫症初始症状的复发。患者在使用盐酸舍曲林的过程当中，需要注意如果是儿童用药，尽管儿童患者对舍曲林的代谢的稍快一些，但是为了避免产生过高的血药浓度，对于儿童的强迫症患者，仍建议使用较低的剂量，尤其是6-12岁体重比较轻的儿童患者。
在使用舍曲林的时候，切忌突然骤停药物，因为突然停药能会发生一些停药综合征，包括下列症状，如情绪烦躁、易激惹、激越、头晕，以及感觉障碍，比如感觉异常或者是电击样感觉、焦虑，以及意识模糊、头痛、昏睡、情绪不稳定，引起失眠和轻度躁狂。尽管这些事件一般是自限性的，但是也有产生严重的停药症状的报告，如果要停用舍曲林，最好是逐渐减量停药，而非突然停药。若减量停药后，出现了无法耐受的症状，可以考虑恢复先前的剂量，随后可以再以更缓慢的速度逐渐减量停药。