多囊卵巢的治疗目的主要是促排卵、促使妊娠，治疗的手法主要是采取激素药物的治疗。根据每个人的情况，医生会采取不同的治疗方法，比如月经稀少或者稀发，或者伴有高雄的症状时，常常先用激素调节月经。激素的治疗方法常常有雌孕激素序贯疗法，或者口服避孕药。目的是为了卵巢先进行休息，以这些外源性的激素来替代体内的激素。这个过程一般需要三个月，再用一些药物来刺激排卵。
如果药物治疗无效的时候，有的时候也会做手术来治疗。这个时候就会做卵巢的楔形切除术，促使患者体内的雌激素水平下降。通过反馈的作用，使垂体促卵泡分泌素增多，而使得卵泡发育，并排卵。