长期口服齐拉西酮主要会对胃肠系统、神经系统、呼吸系统、心血管系统等身体系统造成危害。除药物副作用外，当患者患有其他疾病需要联合用药时，或者精神心理过度紧张时，都可能会导致上述损害加重。
1、胃肠消化系统：长期服用齐拉西酮有引起腹胀、腹痛、便秘、恶心、呕吐、腹泻等不良反应的风险。齐拉西酮通过增加血液中血清素的浓度达到抗精神病作用，当血清素水平升高时，会促进胃肠道蠕动导致腹胀、恶心、腹泻等胃肠道反应；
2、神经系统：常见的症状有震颤、肌张力障碍、运动障碍、眩晕、感觉迟钝、健忘、肌张力减退、复视等。齐拉西酮可以升高人体内多巴胺、血清素等水平，当多巴胺、血清素升高时兴奋神经中枢，导致震颤、感觉迟钝等症状；
3、呼吸系统：长期服用齐拉西酮可能会有呼吸困难的风险。当多巴胺水平过高时，可导致心率加快、血液循环速度加快，从而使呼吸加快，甚至出现呼吸困难等症状；
4、心血管系统：长期口服齐拉西酮可能对心脏有一定影响，部分患者可能出现心电图异常，建议定期进行心电图检查。对于本身患有心律失常、心绞痛等心脏疾病的患者，齐拉西酮可能导致血压上升、心率加快、心绞痛、房颤、心肌肥大等症状，从而导致患者心电图异常，甚至加重心脏疾病症状。
除此之外，对本药物过敏的病人、儿童以及哺乳期妇女不能服用，最近出现急性心肌梗死发作的病人也不建议服用。