肛门疣常指由于病毒感染导致，如常见的肛门尖锐湿疣、肛门扁平湿疣。需要根据引起疾病的具体原因，选择抗病毒治疗、手术治疗等方式对因治疗。
1、肛门尖锐湿疣：感染人乳头瘤病毒(HPV)后，肛门处会有增生性疣状赘生物，多呈单个或多个散在的质地柔软、顶端尖锐的淡红色丘疹。如果是肛门尖锐湿疣，治疗主要是以手术祛除疣体，并通过药物控制感染为主，对于体积较大的肛门疣体，可用手术结扎、将其切除。体积较小的疣体，可以使用激光烧灼、腐蚀剂局部外涂的方式去除疣体，并联合应用阿昔洛韦等抗病毒药物辅助治疗；
2、肛门扁平湿疣：是人体感染梅毒螺旋体后，梅毒二期的一种临床表现，主要表现为肛门处有红色、柔软的皮疹。这种肛门扁平湿疣可以使用液氮冷冻、二氧化碳激光等去除疣体，但还需要服用青霉素类药物进行抗病原体治疗。性伴侣也应接受相关的检查和治疗，避免交叉感染。
肛门疣常具有传染性，因此患者在肛门疣的治疗期间，不建议同房，避免引起交叉感染。日常生活中，需注意保持良好的生活习惯，勤换洗贴身衣物，可适当加强体育锻炼，增强机体免疫力。且肛门尖锐湿疣、扁平湿疣复发可能性较大，需定期复查，避免病情复发或症状加重。