嗜热链球菌属于耗氧的革兰氏阳性细菌，是对人体有益的益生菌，其不属于致病菌，因此对人体没有明显危害。嗜热链球菌通常用于制备发酵类食物，还可用于制作益生菌类药物。
一般情况下，致病性链球菌需要满足能广泛利于碳水化合物、具有抗生素耐药潜力、存在毒力基因等条件。但在嗜热链球菌基因组相关实验中发现，嗜热链球菌与碳水化合物相关的基因无功能，且没有抗生素耐药潜力基因及毒力基因，故其不存在致病性，对人体没有危害。
由于嗜热链球菌对人体较安全，通常可与布氏乳杆菌制作酸奶，可以产生乳糖酶，能够帮助消化人体乳糖，避免乳糖不耐受。嗜热链球菌还可以通过降低肠道的pH值，促进肠道蠕动，防止病原菌定植，达到改善肠道微环境的作用。因此嗜热链球菌也可与长型双歧杆菌、保加利亚乳杆菌制成双歧杆菌乳杆菌三联活菌片，治疗肠道菌群失调引起的腹泻、慢性腹泻、抗生素治疗无效的腹泻及便秘症状。另外，嗜热链球菌还可以抑制胆固醇合成酶的活性，在一定程度上具有降低血清中胆固醇水平的作用。