便秘从病因上分为器质性便秘和功能性便秘，器质性的便秘有器质性的病因，比方说结肠肿瘤或者肠粘连，或者克罗恩病等疾病所造成的肠腔狭窄，这一类便秘需要针对病因进行治疗。
没有器质性病因的则称为功能性便秘，这是生活中非常常见的，功能性便秘又称为慢传输型便秘和出口梗阻型便秘。慢传输型便秘主要是因为结肠蠕动过慢所造成的，在治疗上一方面要多饮水，多吃蔬菜、水果，增加纤维素的摄入，纤维素可以保持大便的水分，刺激结肠的蠕动。在药物上建议口服膨胀性的泻药，如聚乙二醇，可以增加大便中的水分。再加上促进动力的药物，如莫沙必利、依托必利等。对于出口梗阻型的便秘，建议用生物反馈治疗。