针对卡肺的治疗，常用的药物是一些环胺类的药，一般的治疗疗程往往是2-4周，进一步复查原虫是否还存在。
卡肺也称为肺孢子菌肺炎，多见于HIV即艾滋病病毒感染的人群，以及肿瘤、器官移植、使用免疫抑制剂的患者，故卡肺的治疗时间及预后也分为非HIV感染和HIV感染的患者。HIV感染的卡肺起病呈亚急性，症状持续时间长，低氧血症相对较轻，病死率相对较小。非HIV感染患者起病急，进展迅速，易出现呼吸衰竭，病死率高。针对上述特点，对于HIV合并卡肺的患者，其疗程通常在3周左右，而非HIV感染患者合并卡肺时疗程多为2周，当然具体多长时间能好还与治疗反应，以及有无合并症等多因素有关。对于合并呼吸衰竭的患者，因严重的低氧血症需要使用呼吸机辅助呼吸治疗，此时其治疗时间会明显延长，对于部分重症的卡肺患者，特别是老年人，其治疗效果不佳，甚至会发生临床死亡。
卡肺的一般治疗就是氧疗，呼吸困难的患者往往需要激素治疗，免疫功能低下的患者还需要一些免疫的支持治疗。