病毒性扁桃体炎属于自限性疾病，如果症状不显著，一般7天左右可以自愈。如果合并细菌感染，症状较明显，需要服用药物治疗，一般5-7天后症状可逐渐消失。
1、症状不显著：如果全身症状较轻，如头痛、食欲下降、全身无力等，检查见咽部黏膜急性充血、双侧扁桃体肿大，表面多无分泌物，可以出现下颌角淋巴结肿大。此时需注意休息，多饮水，进食流质饮食，多吃新鲜的蔬菜、水果，部分患者可能会自愈；
2、症状较明显：如咽部剧烈疼痛感、口水增多、发烧、吞咽时咽痛较显著等。对于咽痛较剧烈或发热，可以口服布洛芬混悬液，含银黄含化片或西地碘含片，口服蒲地蓝消炎口服液等治疗。如果患者扁桃体表面有黄白色分泌物，考虑合并有细菌感染，需要服用青霉素治疗，如阿莫西林、氨苄西林等，一般5-7天不适症状会逐渐消退。
此外，由于病毒性扁桃体炎易反复发作，若引起风心病、风湿性关节炎或肾炎等疾病，建议足量使用抗生素治疗，避免以后病毒性扁桃体炎复发。避免感冒、疲劳过度，嗜烟、酒或接触有害气体等，可以避免病毒性扁桃体炎发作。