细菌尿通常认为在外阴部，在无菌清洁条件下抽取中段尿的标本，进行镜检。高倍镜视野下>5个细菌，或者菌落培养之后超过100000/mL的，认为菌尿诊断成立。菌尿细菌具体类型，要根据尿培养的结果进行区分。同时通常情况下尿培养结果会附带药敏结果，根据不同的药敏结果有针对性的可以选用抗生素，针对细菌进行治疗。
还有特殊的菌尿，比如老年女性尿里面有一定量的细菌，但是没有表现出下尿路的刺激症状，没有尿频、尿急、尿痛的这些感觉。同时尿里面白细胞、红细胞都没有升高，都处于正常值的范围内。无症状性的血尿，临床上可以保守观察，定期复查，也可以暂时不需要治疗。每个人菌尿的情况，治疗方案需要区分对待。患者需要到正规医院，由泌尿外科专科医生进行诊断，同时给予规范的治疗建议。