木通和川木通不一样，二者在常规剂量下使用通常无毒。虽然两者都具有利尿通淋、清心除烦、通经下乳等功效，但在药物品种、药物治疗偏性等方面有所不同。
1、药物品种不同：木通是木通科植物木通、三叶木通或白木通的干燥藤茎，而川木通是毛茛科植物小木通或绣球藤的干燥藤茎；
2、药物治疗偏性不同：木通一般用于实邪导致的经脉闭阻不通，以及机体调节功能失常引起的水肿、尿少、经闭、乳少等症状。而川木通一般用于湿热瘀血导致的湿热痹痛、心烦尿赤等经脉不通症状。
现代实验研究结果表明，木通与川木通在正常用量的情况下，没有肾毒性，并且没有权威研究可以表明木通和川木通含有马兜铃酸，所以木通与川木通临床使用比较安全。但是关木通中的马兜铃酸含量较高，具有肾毒性，不建议替代木通、川木通使用，以免出现不良反应。