灰指甲在医学上称为甲真菌病，是由真菌侵犯甲床和甲板所致的疾病。因甲板的结构比较致密，局部外用抗真菌药膏很难渗透到甲板内部，所以治疗效果不好，治疗上一般以口服抗真菌药物治疗为主，目前常用的药物有伊曲康唑、特比萘芬。伊曲康唑主要通过肝脏代谢，特比萘芬主要是通过肾脏代谢，无论哪一种抗真菌药治疗灰指甲来说，它的治疗周期都比较长，一般是3-6个月。如果肝肾功能不好的病人，在选择这两种抗真菌药的时候要有针对性的选择。
除了口服抗菌药物治疗，对于一些老年体弱的病人、免疫力低下的病人，还有一些儿童应用这些抗真菌药，而且时间比较长，是不适合他们的。有一些物理治疗来治疗甲真菌病，常见的是长脉冲1064纳米激光，通过激光的热作用，来杀灭感染的真菌。现在目前还有新的点阵激光治疗，点阵激光可以在甲板上制造微小的孔洞，这样在局部外涂抗真菌的药膏，这些孔洞有利于真菌药膏的渗入，从而治疗甲真菌病。