咽反射与呕吐反射的反射中枢都位于延髓，其区别在于反射感受器、反射传出神经、反射效应器、生理意义均有所不同，可以从这些方面进行鉴别。
1、反射感受器：咽反射的感受器是咽后壁、舌根和双侧腭弓，呕吐反射的感受器包括胃肠黏膜、胆囊、十二指肠等；
2、反射传入神经：咽反射的传入神经是舌咽神经和迷走神经，呕吐反射的传入神经是迷走神经；
3、反射传出神经：咽反射的传出神经是迷走神经，呕吐反射的传出神经是迷走神经、交感神经、膈神经、脊神经；
4、反射效应器：咽反射的效应器是咽部肌肉，而呕吐反射的效应器包括胃肠道、食管、膈肌、腹壁肌、咽部肌肉；
5、生理意义：咽反射是一种防止吞咽异物的生理反应，仅出现咽部肌肉收缩，不会对机体造成严重影响。呕吐反射一般是病理现象，同时也是保护性反射，通过呕吐可以将进入胃内的有害物质排出体外，但剧烈呕吐可引起体液大量丧失，造成电解质和酸碱平衡紊乱，从而损害人体健康。