碱性磷酸酶是成骨细胞的一种外酶，它的表达活性是成骨细胞分化、成熟一个非常明显的特征。碱性磷酸酶在体内的主要生理功能就是促进成骨。碱性磷酸酶在人体内主要是来源于肝脏和骨骼，临床上碱性磷酸酶的增高，可以帮助诊断和鉴别诊断某些疾病，比如碱性磷酸酶增高见于肝胆系统的疾病，常见于阻塞性黄疸、原发性肝癌、继发性肝癌以及胆汁淤积性肝炎。
它见于骨骼系统的疾病主要是见于佝偻病、骨细胞癌、骨质疏松等。另外，原发性甲状旁腺功能亢进也会导致血清碱性磷酸酶的升高。在某些非病理性的因素下，比如儿童生长发育期，妊娠2个月左右血清碱性磷酸酶的升高。