大便有虫子一般提示肠道发生寄生虫感染，建议及时就医，进行大便常规、血常规、腹部平片等检查，查明具体是哪些寄生虫导致的感染，并在医生指导下进行针对性的治疗。
针对肠道寄生虫感染，临床上常用甲苯咪唑片、阿苯达唑片、甲硝唑片等药物进行治疗。甲苯咪唑片、阿苯达唑片属于广谱驱虫药，可以预防和治疗蛔虫、蛲虫、钩虫等肠道寄生虫感染性疾病。这两种药物通过直接抑制寄生虫摄取葡萄糖，影响寄生虫的生长发育，从而达到杀虫的作用，一般在常规口服剂量下很少会出现不良反应，极少数患者会出现短暂头晕、腹痛和腹泻，不经处理可自行缓解。甲硝唑片是治疗阿米巴虫、鞭毛虫等寄生虫感染的常用药物，可杀死多种寄生虫，但孕妇不能服用，因为该类药物容易对胎儿造成影响。
如果肠道内寄生虫数量较多，或体积较大，用药物治疗效果较差或不宜使用药物治疗时，可以选择进行手术治疗，比如发生蛔虫性肠梗阻等情况时，不可使用驱虫药物治疗，需要手术取虫。在治疗期间，如果合并有细菌感染时，可以在医生的指导下使用头孢克肟、阿莫西林等药物进行抗感染治疗。
一般经过治疗后，大多数肠道寄生虫都能够被杀死或驱除。治疗期间需要注意，患者使用过的餐具和衣物要及时进行消毒，平时注意饮食卫生，避免再次造成肠道寄生虫感染。