大肠埃希菌感染的主要病因与体内菌群失调等因素有关，主要是经过粪-口传播，好发于免疫力低下者、卫生习惯不良者等人群。
一、主要病因
1、大肠埃希菌即大肠杆菌，是条件致病菌，不同菌株的侵袭力与细胞壁的结构和细菌产生的酶、毒素或代谢产物等有关。一般而言，具有黏附于黏膜表面能办能对抗血清的杀菌活性、有荚膜并能产生细胞外蛋白分解酶的菌株，其毒力和致病能力亦较强。
2、任何使完好的皮肤和黏膜破损、使人体抵抗力降低的因素均有助于感染的发生。长期使用对大肠杆菌无杀伤作用的抗生素，使体内菌群失调，可造成机会性感染。
3、在医院内则通过患者之间、工作人员与患者间的接触、呼吸道气溶胶吸入或各种医疗操作等，使病人获得感染，大肠杆菌是医院获得性感染的最重要的病原菌。
二、诱发因素
1、卫生条件差：大肠埃希菌感染主要通过粪-口传播，若食物被细菌感染、饭前便后不洗手都有可能诱发感染。
2、免疫力低下：免疫力低下难以抵御外来大肠埃希菌入侵，易发生疾病。