氟骨症的治疗首先就是脱离高氟环境，治疗方式主要包括一般治疗和药物治疗。氟骨症不易治愈，一般需要长期持续性治疗。
一、一般治疗
首先，要去除引起氟骨症的病因，如减少饮水中氟的含量，改变高氟地区居民饮食生活习惯，高危职业人群做好防护工作。其次，多种支持治疗对氟骨症病人十分重要。每天补充蛋白质、维生素D、各种维生素，特别是维生素C，并鼓励病人室外活动，给予肌肉按摩等。
二、药物治疗
1、非甾体类抗炎药：如阿司匹林、吲哚美辛，可以有效缓解患者疼痛。
2、钙制剂：增加钙含量的摄入有助于氟的排泄，并可以抑制骨转换，临床上常用葡萄糖酸钙、碳酸钙等。
3、镁制剂：镁制剂可以调整氟导致的人体内酶功能紊乱，降低氟的吸收。
4、铝剂：铝是氟的强力络合剂，有人提出当水或食物中的铝含量较高时，可阻止氟的肠道吸收。研究证实，肠道中40%~60%的氟可被铝络合，同时铝还可降低骨中的氟含量。小剂量的氢氧化铝即可增加粪氟的排出，氟的净吸收率明显下降。但需要注意的是长期应用铝剂可引起骨软化症、紫质症等一系列副作用，因此在使用时需要慎重，小剂量使用。
5、硼剂：硼(boron)的化学性质稳定，最常见的硼无机化合物是硼砂(borax)。硼砂为白色结品细粒或粉末，自然界中有硼砂矿石。硼砂用于医疗以我国最早，中药学称为月石，指出硼砂有良好的解毒作用，可以降低氟的毒性，但因其也有一定量的毒性，因此临床上较少应用。
6、枸橼酸：枸橼酸是骨代谢过程中的一种重要物质，在氟骨症患者骨组织中，枸橼酸含量大大减少，可在补充钙剂的同时补充枸橼酸，对治疗骨质疏松型氟骨症有较好疗效。
7、维生素：支持治疗或辅助治疗对氟骨症病人十分重要，补充多种维生素，特别是维生素D和维生素C或E，可缓解病情。维生素D可促进钙质吸收，这一点对骨质疏松或骨质软化型病人尤为重要，同时可给予患者维生素C、E，可促进氟的代谢。
三、手术治疗
1、椎板切除减压手术：氟骨症导致韧带多处钙化出现椎管狭窄，经过椎板开窗切断一侧的椎版，将椎板向后掀起，扩大椎管，使受压的脊髓向后方漂移，解除脊髓压迫。椎管扩大成形术解压完全，能够很好的缓解神经压迫出现的症状。
2、经椎间孔入路椎间融合术：由于椎间融合具有充分的植骨融合床、丰富的血液供应以及良好的生物力学环境，因而融合率明显提高，临床疗效也随之改善。术后早期疼痛较轻，住院时间短，早期康复，并发症较少。
3、通道辅助下经椎间孔入路减压椎间融合术：适于高危和高龄病人，可在局麻下进行手术，对于椎间孔狭窄伴有节段性不稳定、椎管狭窄伴节段性不稳定有较好效果。
四、中医治疗
氟骨症在中医治疗的范畴内多数痹症，可通过中医辨证应用中医中药或用外治法进行治疗：
1、中医辨证施治：1、气血两虚证：症见神疲乏力，少气懒言，四肢酸软，纳差，面色苍白或萎黄，舌淡、苔白，脉细弱。治宜补益气血，方用八珍汤或当归补血汤加减。
2、肾阴虚证：症见形体赢瘦，四肢关节疼痛变形，眩晕、耳鸣，腰膝酸软，盗汗颧红，五心烦热，男子遗精，女子经少经闭或见崩漏，舌红、苔少，脉细数。治宜滋补肾阴，方用六味地黄汤或左归饮加减。
3、肾阳虚证：症见面色皖白，精神不振，四肢关节疼痛变形，屈伸不利，形寒肢冷，腰膝酸软，弯腰驼背，男子阳楼，女子宫寒不孕，舌淡，苔白，脉沉细无力。治宜温补肾阳，方用金匮肾气丸或右归饮加减。
2、中医外治法：可用八仙逍遥汤或海桐皮汤熏洗，或用针灸、推拿等方法缓解症状。
五、其他治疗
康复治疗：康复治疗的作用主要是缓解患者疼痛和恢复骨关节功能，主要通过运动疗法，增强关节的灵活性和运动能力，还可以辅以热敷、按摩等方法促进血液循环。