肠镜检查需要提前12小时以上清肠，一般为前一天晚上和第二天凌晨或上午分别口服一次清肠药，以排出清亮或淡黄色无渣水样物为宜。肠镜检查一定要提前进行清肠准备，因为肠道贮存较多大便，如不进行清肠或者排不干净，可能导致肠镜下很多地方观察不清楚，难以发现病变。
以口服复方聚乙二醇电解质散为例，通常检查前一天晚上7点开始服用，检查当日早上4点再次服用。如果肠镜检查为当天下午，应在检查当日9点口服清肠药。服用后多走动，按摩腹部，促进肠道的蠕动，直到最后排干净成清水或无渣淡黄色水样物。
对于行肠镜检查，肠道准备时还要注意，对于存在便秘患者，检查前2到3天开始注意饮食，进食流食、易消化的食物，如小米粥等。检查前近期不要吃多渣、多籽及带皮的食物，如西瓜、火龙果、西红柿、葡萄等。对于有高血压患者，检查当天清肠后降压药照常服用。对于糖尿病患者，如准备时间长，可在清肠后口服无色糖块或糖水，避免低血糖。此外，口服清肠药后可以口服去泡剂，如二甲硅油等，有助于消除肠道内气泡，以方便检查。