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1近亲结婚的子女有很大几率患上遗传疾病，对于发病率较低的疾病，如白化病，这种风险率一般要远远高于随机婚配。对于其他一些发病率较高的疾病，如南方地区的地中海贫血或蚕豆病，这种近亲结婚所带来的患病风险并不一定高于当地人群随机婚配引起的发病风险。
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2近亲婚配对后代的影响很大，主要表现在增加隐性遗传病的发病几率，特别是先天畸形、早产、流产、幼儿夭折的风险也会增加。比如说，一对表兄妹在不知道对方是否是某种隐性致病基因的携带者，其子女患病的几率会增加数十倍。
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3人体内存在于常染色体中的隐性遗传病约1400多种，不同的隐性致病基因频率的差异很大。近亲结婚，子女发病率相对于非近亲结婚则显著地增大。通常情况下的人群个体随机婚配，基因频率越低，所以子女发病率也越低。
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三代以内的近亲结婚对子女健康风险较大，无论是国家法律还是民风民俗都不提倡近亲结婚，所以，近亲结婚子女更优秀这一说是无稽之谈，为了子女健康，需要慎重考虑。