使用红霉素眼膏涂眼时，嘱咐患者眼球向上方翻转，然后用手或者无菌的棉签扒开患者的下眼睑，将红霉素眼膏涂入下眼睑穹窿部结膜囊内，涂入的大小大概为1cm长就可以。涂完红霉素眼膏之后嘱咐患者闭眼，同时转动眼球，就能使涂入眼内的红霉素眼膏在眼睛表面均匀分布，使整个眼球表面都被红霉素眼膏所覆盖。红霉素眼膏在眼科来讲属于抗生素药膏，同时也是油膏，有很好的润滑作用。除了用于抗感染的治疗，也可以用于预防暴露性角膜炎等疾病的发生。用于抗感染的治疗的时候，因为红霉素眼膏是一种油膏，涂完之后会引起视物模糊，通常都适用于夜间使用，用于治疗感染性眼部疾病，包括感染性角膜炎、感染性结膜炎等。
眼睑闭合不全的患者睡觉时，会引起眼睛表面角膜的暴露，角膜暴露之后会引起角膜上皮糜烂和剥脱，进而导致角膜溃疡以及角膜感染，称之为暴露性角膜炎。为了预防暴露性角膜炎的发生，也可以给患者睡前涂用红霉素眼膏，相当于眼睛表面就有一层红霉素的油膏覆盖，避免了眼球直接与外界的接触，就起到了保护角膜的作用。全麻的患者手术中可能会导致眼睛的睁开，也会导致暴露性角膜炎，所以全麻的患者手术之前，也可以给患者涂用红霉素眼膏。红霉素眼膏在眼科还有一种用法，就是眼睑周围的皮肤切口手术之后可以涂上红霉素眼膏。红霉素眼膏涂上之后，因为是油膏的性状，可以避免眼睛表面的敷料与皮肤的切口发生粘合，有利于第二天晨起的换药。