复合乳酸菌肠溶胶囊的副作用主要是皮疹，但是这种副作用的发生概率比较低，患者不用过于担心。当患者吃这种药出现皮疹时，应注意询问医生，遵医嘱停药。
复合乳酸菌肠溶胶囊可用于治疗肠道菌群失调引起的肠功能紊乱，比如适用于治疗急、慢性腹泻。而复合乳酸菌肠溶胶囊属于复方制剂，包括乳酸乳杆菌、乳酸链球菌等多种成分，少部分人群可能会对上述成分过敏，而此类患者服用该药后可能会出现皮疹、皮肤发红以及皮肤异常瘙痒等症状，严重时还可能引起过敏性休克等情况。
如果对复合乳酸菌肠溶胶囊过敏，在服药后出现皮疹，患者应及时停止服药，并尽快去医院就诊，在医生指导下使用氯雷他定片以及盐酸左西替利嗪片等抗过敏药物进行改善。而在治疗期间，患者应注意清淡饮食，以免影响疾病的恢复。