益生菌二联、三联、四联、五联的区别，通常在于菌落的类型、菌种的数量，以及治疗作用均有所不同，益生菌二联、三联、四联、五联一般是指双歧杆菌二联活菌、双歧杆菌三联活菌、双歧杆菌四联活菌和双歧杆菌五联活菌。
1、菌落的类型：双歧杆菌二联活菌的类型主要包括婴儿型双歧杆菌、酪酸梭状芽孢杆菌等。双歧杆菌三联活菌主要包含的菌落是保加利亚乳酸杆菌、双歧杆菌以及嗜热链球菌。而双歧杆菌四联活菌包括的菌落为粪肠球菌、双歧杆菌、嗜酸乳杆菌和蜡样芽孢杆菌等。双歧杆菌五联活菌则包括乳双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、两歧双歧杆菌和婴儿双歧杆菌等；
2、菌种的数量：双歧杆菌二联活菌包含菌种数量为2种，双歧杆菌三联活菌包含菌种数量为3种，双歧杆菌四联活菌包含的菌种数量是4种，而双歧杆菌五联活菌包含的菌种数量是5种；
3、治疗作用：双歧杆菌二联活菌通常用于滥用抗生素、反复发生感染或其他原因引起的肠道菌群失调，会表现出消化不良和腹泻等症状。双歧杆菌三联活菌和双歧杆菌四联活菌主要是用于肠道菌群失调、肠道功能紊乱引起的便秘、腹泻，或者便秘与腹泻交替出现等症状，对于功能性消化不良有一定的调理作用。而双歧杆菌五联活菌主要用于调节肠道微生态环境，改善肠胃功能，防治便秘和腹泻等。
以上益生菌均应在医生的指导下使用，避免盲目自行用药，以免破坏肠道菌群的平衡。