深度水解奶粉与普通配方奶粉配方中的营养成分，包括维生素、脂肪、矿物质等相同，营养不受影响。
牛奶蛋白中的酪蛋白是致敏性较强的蛋白质，而深度水解奶粉是经过一些特殊的工艺制成的奶粉，可将致敏性较强的酪蛋白等大分子成分通过水解工艺加工，切割成氨基酸和短肽，成为致敏性低的小分子，虽然结构上有所改变，但深度水解奶粉的成分与普通配方奶粉的成分相同，能够支持孩子的营养需求，而且降低了致敏性，适合多数对牛奶蛋白过敏的孩子，家长不用担心。
如果孩子存在牛奶过敏，且存在严重湿疹、明显便秘、腹泻，或明显体重增加缓慢等情况时，需要考虑孩子对牛奶过敏的可能性。此时可以在专业医生的指导下，给孩子选择深度水解奶粉，看症状是否有所缓解。但由于其口感没有普通配方奶粉好，部分孩子不太容易接受。