菜籽油芥酸对人体有一定的害处。但适量食用菜籽油芥酸可以通过人体的新陈代谢排出体外，一般不会对机体造成影响。若食用量过多，就可能对身体产生影响。
菜籽油虽然属于植物油，但其中含有芥酸，如果长期食用可能会引起热量在体内转化为脂肪堆积，从而导致体内的脂肪生成增多，使身材变得臃肿。而且如果芥酸在血液中沉淀过多，可能导致血液变得黏稠，从而诱发心脑血管病变，出现各种不适的症状，所以菜籽油芥酸对人体有一定的害处。一般可使用低芥酸菜籽油，且根据国家标准，低芥酸菜籽油的芥酸含量必须低于3%，此种情况下有利于机体摄入的芥酸通过新陈代谢排出，从而减少对身体的伤害。
菜籽油虽然含有芥酸，但其中的胆固醇含量较少，一般适当食用对机体影响较小。