长期喝益生菌酸奶一般会有利于排便以及调节肠道菌群。益生菌酸奶中的益生菌是指摄入一定数量后，对人体健康产生有益作用的活性微生物。
1、有利于排便：益生菌有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、肠球菌等，长期喝益生菌酸奶在肠道环境的综合作用下，会产生乳酸、醋酸等酸性物质，刺激肠道分泌大量肠液，软化粪便，在益生菌的作用下形成的酸性环境可增强肠蠕动，有利于排便；
2、调节肠道菌群：当肠道环境受到干扰时，肠道中潜在的有害细菌会产生毒素，破坏肠黏膜诱发感染，导致免疫紊乱，手术、创伤、感染等都会影响肠道菌群，大多数敏感细菌和正常菌群会被抑制或杀死，耐药细菌会大量繁殖，这时长期喝益生菌酸奶可以平衡肠道菌群，补充外来益生菌，促进正常菌群生长，抑制致病性或条件性病原体的生长，从而调节肠道菌群失衡。