整肠生用药时间，应该根据不同的疾病的不同症状而定。整肠生是地衣芽孢杆菌，属于一种过路菌，通过消耗体内的一种氧气，从而产生厌氧环境，有助于正常微生态的菌，如双歧杆菌、乳杆菌的正常生长，并且对抗生素也有一定的辅助作用，对有害菌有一定的抑制作用。所以整肠生最多的是运用于：
一、感染性腹泻，它是作为感染性腹泻、细菌性腹泻在运用抗生素的时候，整肠生可以作为一个辅助治疗，但是与抗生素的服用时间至少应该隔两个小时以上。
二、病毒性腹泻，我们知道病毒感染引起的腹泻用抗生素是无效的，但是可以用整肠生调节肠道的微环境，对腹泻是有很好的好处的。
对于这种急性腹泻的患者，如果腹泻停止了，整肠生就应该停止了。对于慢性患者，比如肠功能紊乱的患者，尤其是老年人，由于肠道的功能紊乱，也可以用整肠生来调节肠道的功能，这时候也应该是按需服用，一旦症状缓解，药物就可以停止了。