长期接触或大量摄入氨基甲酸乙酯可能对人体有害。氨基甲酸乙酯虽然不是剧毒物质，但是长期接触或大量摄入可能会增加一些疾病的患病几率。氨基甲酸乙酯是发酵的副产物，广泛存在于腐乳、酱油等发酵食品，以及白酒、葡萄酒、啤酒、清酒、黄酒等酒精饮料中，人体摄取氨基甲酸乙酯主要是通过摄入含氨基甲酸乙酯的食物，或是在生产过程中长期接触这些物质，有研究表明长期接触或大量摄入此物，可能会增加肺部肿瘤、淋巴癌、皮肤癌等疾病的患病几率。
因为人类摄取氨基甲酸乙酯主要是通过酒精饮料，所以在制作或者是储存酒类的过程中应该减少氨基甲酸乙酯的产出，比如严格控制发酵条件，或者适当降低储存酒类的室内环境，尽量维持在20℃以下，但最根本的还是避免大量饮用酒精饮料。另外在化工生产过程中，操作人员要做好防护，避免皮肤、眼睛等部位直接接触氨基甲酸乙酯。