纳他霉素对人体基本无害，但需控制摄入量。纳他霉素属于安全系数较高的添加剂，主要用于生产加工糕点等食品，如乳酪、面包、饮料等。
纳他霉素是一种由纳他链霉菌受控发酵，制成的白色无臭、无味的结晶粉末。可通过与真菌中的甾醇基团结合，抑制真菌基团合成，使真菌细胞膜通透性改变、膜内物质流出，造成真菌死亡，起到防腐、延长保质期的作用。人体的细胞中不存在与真菌类似的靶点受体，所以纳他霉素对人体细胞作用并不明显，不会造成危害。但由于很难被人体消化道吸收，微生物难以对纳他霉素产生抗性，长期大量摄入，可能对消化系统增加一定负担，不过市面有严格把控，发生这种事情的概率很小。
纳他霉素除了防腐，延长保质期，还可被用于治疗真菌感染，包括假丝酵母菌、曲霉菌、镰刀霉菌等，能被用作眼药水或者口腔药剂中。