桥本氏甲减即慢性淋巴细胞性甲状腺炎，也是甲状腺的自身免疫性疾病，是机体以甲状腺为抗原，产生了针对甲状腺的自身抗体，甲状腺球蛋白抗体和甲状腺微粒体抗体。随着病变的发展，甲状腺组织逐渐由淋巴细胞所代替，致使甲状腺激素合成、分泌减少，而发生甲状腺功能减退症。
从抗体出现阳性到发生甲减因人而异，时间长短不一。有些患者2-3年就出现甲减，有些患者十几年都没有发生甲减。在没有发生甲减以前需要观察抗体的上升速度，发生了甲状腺功能减退症时应给予左甲状腺素替代治疗。大多数患者都需要终身替代治疗，桥本甲状腺炎伴发甲减时应该给予终身性替代治疗。